Dalam Syair Perang Siak, Raja Kecil didaulat menjadi penguasa Siak atas muafakat masyarakat di Bengkalis. Ia bertujuan untuk melepaskan Siak dari pengaruh Kesultanan Johor.[10] Sementara dalam Hikayat Siak, Raja Kecil disebut juga dengan sang pengelana waris Sultan Johor yang kalah dalam perebutan kuasa.[11] Berdasarkan surat-menyurat Sultan Indermasyah Yang Dipertuan Pagar Ruyung dengan Gabenor Jeneral Belanda di Melaka masa itu, menyebutkan bahawa Sultan Abdul Jalil Rahmat Shah merupakan saudaranya dihantar untuk berdagang dengan Syarikat Hindia Timur Belanda (VOC).[12] Kemudian Sultan Abdul Jalil dalam suratnya tersendiri yang ditujukan kepada pihak Belanda, menyebut dirinya sebagai Raja Kecil dari Pagaruyung, akan menuntut balas atas kematian Sultan Johor.[13]

Pada tahun 1718, Sultan Abdul Jalil berhasil menguasai Kesultanan Johor[14] sekaligus mengukuhkan dirinya sebagai Sultan Johor dengan gelaran Yang Dipertuan Besar Johor. Tetapi pada tahun 1722, terdapat pemberontakan yang diketuai oleh Raja Sulaiman anak Bendahara Johor, yang juga menuntut hak ke takhta Johor. Dengan bantuan tentera upahan dari Bugis, Raja Sulaiman kemudiannya berjaya dalam kudeta takhta Johor, dan mengisytiharkan dirinya sebagai penguasa Johor di Semenanjung Malaysia. Sementara Sultan Abdul Jalil, berpindah ke Bintan dan pada tahun 1723 membina pusat kerajaan baru di sehiliran Sungai Siak dengan nama Siak Sri Inderapura.[10] Sementara pusat kerajaan Johor yang sebelum ini berada sekitar muara Sungai Johor ditinggalkan begitu saja, dan menjadi status quo dari masing-masing penguasa yang bertikai tersebut. Sedangkan tuntutan Raja Kecil sebagai pewaris yang sah kepada takhta Johor, diiktiraf oleh masyarakat Orang Laut. Orang Laut adalah sekumpulan orang yang tinggal di wilayah Kepulauan Riau yang terbentang dari timur Sumatra hingga ke Laut China Selatan, dan kesetiaan ini terus berlaku hingga runtuhnya Kesultanan Siak.[15]

Raja Kecil terpaksa melepas hegemoninya di Kepulauan Riau dan mula membina kekuatan baru di kawasan sepanjang pantai timur Sumatra. Antara tahun 1740-1745, Raja Kecil kembali bangkit dan menakluki beberapa kawasan di Semenanjung Malaysia.[16] Kerana mendapat ancaman dari Siak, dan di saat yang bersamaan orang-orang Bugis juga meminta balas atas jasa mereka, maka Raja Sulaiman meminta bantuan kepada Belanda di Melaka. Dalam perjanjian yang ditandatangani pada tahun 1746, Johor berjanji untuk memberikan Bengkalis kepada Belanda. Perjanjian itu kemudiannya ditanggapi oleh VOC dengan membina gudang di kawasan tersebut.[17][18]

Sepeninggal Raja Kecil pada tahun 1746, tuntutan atas Johor pudar. Penerusnya Sultan Mahmud/ Muhammad memberi tumpuan kepada pengukuhan kedudukannya di pesisir timur Sumatera dan daerah vassal di Kedah dan kawasan pantai timur Semenanjung Malaya. Pada tahun 1761, Sultan Siak membuat persetujuan eksklusif dengan Belanda, dalam ehwal perdagangan dan hak kedaulatan wilayah, serta bantuan dalam bidang senjata.[19] Setelah beliau meninggal dunia, muncul dualisme kepemimpinan di kerajaan ini. Raja Muhammad Ali yang lebih disukai Belanda kemudian menjadi Sultan Siak. Sementara sepupunya Raja Ismail yang tidak disukai Belanda, muncul sebagai Raja Laut, menguasai perairan timur Sumatra sampai ke Laut China Selatan, dan membina kekuatan di gugusan Pulau Tujuh.[20]

Sekitar 1767, Raja Ismail telah menjadi penduaan Raja Kecil. Disokong oleh Orang Laut, beliau terus menunjukkan dominasinya di perairan wilayah timur Sumatra, dengan memulakan pengendalian ke atas perdagangan timah di Pulau Bangka, kemudian menakluki Mempawah di Kalimantan Barat. Sebelum itu Raja Ismail juga membantu Terengganu menakluki Kelantan, hubungan ini kemudian diperkuat oleh hubungan perkahwinan antara Raja Ismail dengan saudara perempuan Sultan Terengganu. Pengaruh Raja Ismail di kawasan Melayu sangat penting, bermula dari Terengganu, Jambi dan Palembang. Laporan Belanda menyebutkan, Palembang telah membayar 3,000 ringgit kepada Raja Ismail agar jalur pelayarannya selamat dari gangguan. Sedangkan Hikayat Siak menceritakan sambutan perayaan yang diterima oleh Raja Ismail ketika ia tiba di Palembang.[20]

Menjelang abad ke 18, Kesultanan Siak telah menjadi kekuatan dominan di pantai timur Sumatera. Pada tahun 1780, Kesultanan Siak menakluki kawasan Langkat, dan menjadikan kawasan itu di bawah pengawasannya,[21] termasuk wilayah Deli dan Serdang.[22] Di bawah ikatan perjanjian kerja sama dengan VOC, pada tahun 1784 Kesultanan Siak membantu VOC menyerang dan menundukkan Selangor.[23] Sebelumnya mereka telah bekerja sama memadamkan pemberontakan Raja Haji Fisabilillah di Pulau Penyengat.

Pengembangan penjajahan Belanda ke kawasan timur Pulau Sumatera tidak dapat dipintas oleh Kesultanan Siak, bermula dengan pembebasan Kesultanan Deli, Kesultanan Asahan, Kesultanan Langkat, dan kemudian muncul Indragiri sebagai kawasan bebas.[24] Begitu juga di Johor, di mana seorang sultan dari keturunan Tumenggung Johor kembali didudukkan, dan berada dalam perlindungan Inggris di Singapura.[25][26] Sementara Belanda memulihkan kedudukan Yang Dipertuan Muda di Pulau Penyengat, dan kemudian mendirikan Kesultanan Lingga di Pulau Lingga. Selain itu Belanda juga menyempitkan wilayah kedaulatan Siak, dengan mendirikan Residentie Riouw yang merupakan sebahagian daripada pemerintahan Hindia Belanda yang berkedudukan di Kota Tanjung Pinang.[27][28][29]

Penguasaan Inggeris atas Selat Melaka, mendorong Sultan Siak pada tahun 1840 untuk menerima tawaran perjanjian baru menggantikan perjanjian yang telah mereka buat sebelum ini pada tahun 1819. Perjanjian ini menjadikan wilayah Kesultanan Siak semakin kecil dan tersepit antara wilayah kerajaan kecil lainnya yang mendapat perlindungan dari Inggeris.[30] Demikian juga pihak Belanda menjadikan kawasan Siak sebagai sebahagian dari pemerintahan Hindia Belanda,[31]setelah memaksa Sultan Siak menandatangani perjanjian pada 1 Februari 1858.[19][32] Dari perjanjian ini, Siak Sri Inderapura kehilangan kedaulatannya. Maka dalam setiap pelantikan raja, Siak harus mendapat persetujuan dari Belanda. Selanjutnya dalam pengawasan wilayah, Belanda mendirikan pos tentera di Bengkalis serta melarang Sultan Siak membuat perjanjian dengan pihak asing tanpa persetujuan pemerintahan Hindia Belanda..[19]

Kemudian berdasarkan perjanjian pada 26 Julai 1873, pemerintah Hindia Belanda memaksa Sultan Siak, menyerahkan wilayah Bengkalis kepada Residen Riau.[33] Namun di tengah tekanan tersebut, Kesultanan Siak masih tetap bertahan sampai kemerdekaan Indonesia,[34] walaupun semasa pendudukan tentera Jepun, kebanyakan kuasa tentera Kesultanan Siak tidak bererti lagi.

Bergabung dengan Indonesia

Sultan Syarif Kasim II, merupakan Sultan Siak terakhir yang tidak memiliki putera. Seiring dengan kemerdekaan Indonesia, Sultan Syarif Kasim II mengisytiharkan kerajaannya untuk bergabung dengan Republik Indonesia.[34]